箱根神社面湖環山，爬上濃濃的森林綠蔭之下的登山石道，就可抵達猶如坐落於深山裏的神聖古剎。蘆之湖上的大鳥居，茂密樹林的山林古道，九頭龍神社的神水，800年樹齡的杉樹林立的參道中央的「矢立之杉」，御社殿右邊的「安産杉」，御社殿後面的「石楠花園」，寶物殿裏的重要文化遺產「萬捲上人坐像」、「箱根權現緣起畫卷」等文化寶物以及神社周圍十多座小規模神社等皆是遊玩這歷史古剎的主要觀光景點。
孝昭天皇(西元前506年~西元前393年)年間高僧聖佔上人祭拜箱根山的最高峰―神山，之後箱根山成了在關東山岳信仰的一大聖地。箱根神社就是坐落在這聖地上，由高僧萬卷上人建於757年。
箱根神社古稱關東總鎮守箱根大權現簡稱箱根權現或三所權現，祭祀箱根大神(瓊瓊杵尊、木花咲耶姫命及彦火火出見尊的總稱)，對交通安全、心想事成、開運避邪靈驗。箱根神社裏除了本社以外也有曾我神社、九頭龍神社、惠比壽社等十多座稱為攝末社的小規模神社。因為歷史悠久，箱根神社流傳許多貴重的文化遺產，其中，相傳是在日本平安時代(784年~1185年)雕刻成的神社創設者萬卷和尚的木刻坐像，也被列為重要文化遺產。
據傳，當時蘆湖住著擁有九個頭的毒龍，經常危害當地居民，萬卷上人與其對决，降服之後，命令九個頭的毒龍守護居民，這個傳說日後演變為現在的湖水祭。
箱根神社作為武士的守護神，極受武士階級虔誠崇拜。日本鎌倉時代(1185年~1333年)所著的歷史書「吾妻鏡」中記載，1180年，由伊豆起兵的源賴朝(1147年~1199年)在石橋山戰役失利逃到此地時，箱根神社的僧侶不僅讓源頼朝躲藏在神社內，更是幫忙源頼朝逃離至房總，源賴朝在上任征夷大將軍、於鐮倉成立幕府(由征夷大將軍成立的政權)後，極力保護箱根權現以感恩報答，因此直到1868年的明治維新為止，箱根神社作為武士的守護神，極受鐮倉幕府歷代將軍以及日本歷史武將的虔誠崇拜：鐮倉將軍家曾經指定箱根神社及伊豆山神社(或稱走湯山權現)為「二所詣」，規定鐮倉將軍以及鐮倉幕府官員要到這兩座神社祭拜；箱根神社亦受北條氏極力保護；豐臣秀吉進攻小田原時箱根神社遭受焚毀，因德川家康贈送200石及發布社地不入的朱印狀(當時的命令書)而重建。
從江戶(現在的東京)的日本橋直通到京都的日本古代驛道「東海道」完工，箱根旅館以及關卡也相繼的設立之後，到箱根神社祈求交通安全的人民越來越多，箱根神社也由武將的神社逐漸演變成人民信仰的聖地。到了日本明治初期，因政府的神佛分離政策，由關東總鎮守箱根大權現改名為「箱根神社」。繼1873年日本明治天皇及昭憲皇太后親臨參拜之後，日本大正時代，日本昭和時代乃至今日，日本皇室相繼的到此祭拜。
 
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