郡上八幡城是由遠藤盛數建於1559年(日本永祿2年)。雖然現在的八幡城是於1933年(日本昭和8年)重建的，但也算是日本全國木造的重建城中最古老的城堡。由郡上八幡城的天守閣可以一眼眺望郡上八幡市區，天守閣陳列展示武具和馬具等貴重收藏。
郡上八幡城的起源為千葉城，由郡上山田莊園的領主千葉氏之中的一族-東胤行建於日本鎌倉時期的1220年(日本承久2年)。因為東氏第十二代東常尭耍陰謀殺害東氏分家的遠藤胤縁，遠藤胤縁的弟弟遠藤盛数一氣之下毀滅了持續12代340年的名門東氏。遠藤盛数燒毀了千葉城之後，於同年重新建蓋了新的城堡，這城堡就是流傳至今的郡上八幡城。
1588年(日本天正16年)遠藤氏第二代遠藤慶隆因為支援反抗豐臣秀吉的岐阜城城主織田信孝而被豐臣秀吉放逐後，稻葉貞通受命於豐臣秀吉成為新的八幡城主。新城主稻葉貞通擴建了城堡的規模，如在山頂加蓋天守閣等建築。在1600年(日本慶長5年)的關原戰役中，先前的城主遠藤慶隆因為幫助徳川家康而立下戰績，戰後因而復位八幡城主。
1692年(日本元禄5年)遠藤氏第5代遠藤常久於７歳夭折，領土則被没収。之後換過許多代城主後在青山氏第７代日本進入了明治維新。
日本明治4年在日本政府的廢籓置縣政策之下郡上八幡城遭受廢城的命運，隔年除了石牆其餘的建築全部被拆除。現在的城堡是1933年(日本昭和 8年)，參考日本國寶大垣城重建，木造4層5樓的天守閣等是八幡町的重要文化遺產，這一區的遺跡被指定為縣史跡。
 
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