 勝道上人於767年前往位於四本龍寺旁邊的男體山祭祀，並創建本宮神社，成為「二荒山神社」的起源。在創建日光東照宮之前，二荒山神社一直是日光山的中心。
自古以來，二荒山神社受到德川幕府以及地方豪族虔誠信仰。現在所看到的正殿及拜殿等桃山風格的建築，是1619年(日本元和5年)由第二代將軍德川秀忠捐贈，是現存日光山裡中最古老的建築。正殿和神橋等共23棟建築是日本指定重要文化遺產。明治維新時雖然經歷所謂的「神佛分離」階段，但「二荒山神社」在1872年(日本明治6年)升級為國幣中社，第二次世界大戰後參拜的人也是源源不絕。
二荒山神社祭祀總稱為「二荒山大神」的三神。依據日本神道教與佛教融合所衍生出的「本地垂跡說」，這三神分別是
三山(山岳信仰) 三所權現 垂迹神(神道) 三佛(佛教)
男體山(2,484公尺)= 新宮權現 = 大己貴命 = 千手觀世音菩薩
女峰山(2,464公尺)= 瀧尾權現 = 田心姬命 = 阿彌陀如來
太郎山(2,386公尺)= 本宮權現 = 味耜高彦根命 = 馬頭觀世音菩薩
大約1,200年前的日本奈良時期末期，勝道上人感覺到在二荒山有神靈，於是在大谷川北岸建築了四本龍寺，接著在767年建立「本宮神社」。上人修行不輟，在782年達成了「登上二荒山」的志願，並在山頂上建築了小祠，就是今日的「奥宮」，主要祭祀山神大己貴命。784年，於二荒山中段的中禪寺湖北岸附近創建了「中宮祠」，然後才在神橋附近建立了本宮神社，祭祀山神味耜高彦根命，遂成今日所見的「二荒山神社」。
二荒山神社後方則是瀧尾神社(建於820年)，祭祀女峰山神靈「田心姬命」。神社前有夫妻樹與親子樹，傳說可庇祐夫妻感情與親子關係。面對神社左後方的「二荒靈泉」水質清澈，傳說飲用後可庇祐平安。
古代二荒山神社的神域(領域)廣達3,400公頃，當時範圍僅次于伊勢神宮。如今大部份著名景點，都在「日光國立公園」之中。 |
